Barrapunto

Puedes cambiar la ubicación del directorio (perdón, de la carpeta) "Documents and Settings" durante la instalación, usando el modo desatendido y el archivo unattend.txt, en el que especificas la ubicación que quieres.
Si ya está instalado, puedes cambiar la ubicación para un único usuario (fácil), o para todos (coñazo). ¿Método? Es Microsoft mismo quien te lo explica [microsoft.com].

Si lo único que quieres es cambiar la carpeta "Mis Documentos": seleccionar carpeta, botón derecho, Propiedades, cambiar la ruta en "Ubicación".

Respecto a lo del gestor de arranque, ni idea. Por defecto lo que le interesa a Microsoft es que sólo uses Windows :) aunque supongo que también se podrá evitar que te lo chafe.

Sólo prueba de mantenerlo sin fragmentación o sin mierda en su famoso directorio TMP

No comprendo... ¿Para qué [salmar.com] quieres mantenerlo sin fragmentación? Y borrar el TMP ¿porqué ha de ser más complicado? Vamos, a mí me cuesta lo mismo.
No diré nada sobre lo de mover "Documents and Settings", porque ya lo han hecho otros.
Saludos