Barrapunto

1- si, jdk incluye el java run time
2- Mono no es GPL, es BSD

tienes en http://www.java.net/jrl.html la Java Research license. la filosofia es sencilla: puedes hacer lo que quieras, pero....

Para distribuir:

- O bien el receptor acepta la
Java Source Code License, en cuyo caso le tienes que pasar una JVM "oficial"
- O bien el receptor acepta la Java Research License, en cuyo caso le puedes pasar tus modificaciones, pero no puede haber ninguna transaccion economica por la jvm, ni denominar al producto "java"

Evidentemente esto no se aplica a la aplicacion que tu desarrolles, sino a la JVM y los trabajos derivados